Nos termos do disposto no n.º 2 do art. 25.º do RJAT, só as decisões arbitrais que conheçam de mérito são susceptíveis de recurso para o Supremo Tribunal Administrativo, quando estejam em oposição, quanto à mesma questão fundamental de direito, com acórdão proferido por algum dos tribunais centrais administrativos ou pelo Supremo Tribunal Administrativo.
Essa opção legislativa de restringir essa possibilidade relativamente às decisões que conheçam do mérito da pretensão deduzida, resulta inequívoca da letra da lei (que constitui o princípio e o limite da tarefa hermenêutica, nos termos do art. 9.º, n.º 2, do CC).
Bem se compreende a sua teleologia, pois a decisão de forma que ponha termo ao processo arbitral não tem como consequência a perda do direito do sujeito passivo: quer porque, normalmente, haverá também possibilidade de promover a revisão oficiosa do ato tributário (que pode ser efetuada, em regra, no prazo de quatro anos ou a todo o tempo se o tributo não estiver pago, nos termos do art. 78.º da LGT), quer porque será de aplicar subsidiariamente, ao abrigo da alínea c) do n.º 1 do artigo 29.º do RJAT, o regime previsto no n.º 8 do art. 87.º do CPTA, em que se estabelece que «a absolvição da instância sem prévia emissão de despacho de aperfeiçoamento não impede o autor de, no prazo de 15 dias contado da notificação da decisão, apresentar nova petição, com observância das prescrições em falta, a qual se considera apresentada na data em que o tinha sido a primeira, para efeitos da tempestividade da sua apresentação».