As regras de competência dos tribunais tributários, em razão da matéria, vêm previstas nos artigos 16.º e 18.º do Código de Procedimento e de Processo Tributário (CPPT).

 Dispõe o art. 16.º do CPPT que a infracção das regras de competência em razão da matéria determina a incompetência absoluta do tribunal, e que esta é de conhecimento oficioso, podendo ainda ser arguida pelos interessados ou arguida pelo Ministério Público ou pelo Representante da Fazenda Pública até ao trânsito em julgado da decisão.

O recente acórdão do Plenário do STA de 29/01/2014, processo n.º 01771/13, versou sobre a questão da competência dos tribunais tributários no âmbito de uma acção administrativa comum de responsabilidade civil extracontratual do Estado.

Decidiu-se naquele acórdão que tendo sido proposta uma acção administrativa comum para a efectivação de responsabilidade civil extracontratual do Estado para pagamento de uma quantia a título de indemnização por danos sofridos pela ilegalidade da liquidação de um imposto que veio a ser anulada, os tribunais tributários não são competentes, em razão da matéria, para conhecer desta acção, sendo competentes os tribunais administrativos.

Com efeito, entendeu-se nesse acórdão que, nesse caso não se está perante um conflito emergente de uma relação jurídico-tributária, mas um conflito que apesar de ter origem nessa relação, lhe é posterior “lhe é posterior e que nasce por diferentes razões, ainda que complementares” e nessa medida, estamos perante uma acção de responsabilidade civil extracontratual do Estado “a qual se rege não por normas de direito tributário mas por normas de direito civil (Cod. Civil) e de direito administrativo (Lei 67/2007, de 31/12), o que, desde logo, determina que os Tribunais Administrativos sejam competentes para o seu conhecimento.”

Subjaz o entendimento de que o legislador configurou os tribunais administrativos como uma espécie de tribunal comum da jurisdição administrativa, sendo que a competência atribuída aos tribunais tributários fica limitada aos conflitos emergentes das relações jurídicas tributárias elencadas no art. 49.º do ETAF, e por conseguinte, estes últimos não podem ser chamados a intervir se inexistir disposição legal a atribuir-lhes a competência para o julgamento do conflito em questão.

Por outro lado, naquelas acções, não se discute a interpretação e aplicação da norma do direito fiscal ou seja, da norma que se relaciona com impostos ou figuras afins, mas antes o de saber se estão reunidos os pressupostos para a responsabilidade civil extracontratual do Estado, o que constitui matéria da competência dos tribunais administrativos. Por último, saliente-se que a decisão que declare a sua incompetência absoluta deve, obrigatoriamente, indicar o tribunal que considera competente, tal como resulta do n.º 3 do art. 18.º do CPPT, e que o A. pode, no prazo de 14 dias a contar da decisão que a declare, requerer a remessa do processo ao tribunal competente (n.º 2), sendo certo que a acção se considera apresentada na data do primeiro registo do processo (n.º 4).